【摘 要】
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采用VHSE氨基酸结构描述子表征HLA-A^* 0201限制性表位结构,以遗传算法和偏最小二乘相结合(GA-PLS)对102个训练集进行定量构效关系建模.剔除3个异常样本后,据候选模型交互检验及
【机 构】
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重庆大学化学化工学院,重庆大学生物医学工程教育部与重庆市重点实验室,西南师范大学生命科学学院
【基金项目】
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重庆大学创新基地基金(No.2004A011)资助项目.
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采用VHSE氨基酸结构描述子表征HLA-A^* 0201限制性表位结构,以遗传算法和偏最小二乘相结合(GA-PLS)对102个训练集进行定量构效关系建模.剔除3个异常样本后,据候选模型交互检验及50个外部测试集预测结果,筛选得到最优偏最小二乘模型(A=2),其R^2,Q^2和R^2 pred分别为0.755,0.621和0.680.构效研究显示:CTL表位活性主要与1,2,7,8,9位氨基酸残基疏水、1,2位立体及6位残基电性等性质密切相关.
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