目的:探究新生儿消化系统感染性疾病的病原学分析及临床诊治.方法:选择2014年8月至2019年8月在我院接受诊治的80例消化系统感染性疾病的新生儿作为本次分析研究对象.结果:鹅口疮患者痊11例(68.75％),有效3例(18.75％),无效2例(12.50％),总有效率为87.50％(14/16);感染性腹泻患者痊愈59例(92.19％),有效4例(6.25％),无效1例(1.56％),总有效率为98.44％(63/64),感染性腹泻患者的总有效率比鹅口疮患者的高,具有明显差异.病原体分布共培养出61株病原体,其中细菌22株,占36.07％;病毒21株,占34.43％,真菌18株,占29.51％.医院感染的1例患儿病原体检出率100.00％(1/1),社区感染的79例患儿检出病原体60株,检出率79.54％(60/79),医院感染病原体检出率比社区感染高,具有明显差异.结论:新生儿消化系统传染病的主要病原体是细菌、病毒、真菌、轮状病毒是主要病原体,院内病原体检出率高,在诊断和治疗上应区别对待.