目的 探讨临床思维综合训练系统在全科规培教学中的应用效果及对规培医生临床思维能力的影响。方法 选取2020年12月至2022年12月在我院接受规范化培训的医生40名，按随机数字表法分作两组，对照组20名采用常规方法进行教学，观察组20名采用临床思维综合训练系统进行教学。比较两组的自主学习能力、理论与实践操作成绩、临床思维能力及对教学方法的认同情况。结果 两组培训后的积极主动学习能力量表评分、理论知识与实践操作成绩、临床思维能力评分均高于培训前，差异均有统计学意义（均P＜0.05）。观察组规培后的积极主动学习能力量表评分、理论知识与实践操作成绩、临床思维能力评分均高于对照组，差异均有统计学意义（均P＜0.05）。观察组对教学方法在提升学习兴趣、提高自主学习能力、提升实践能力、提升临床思维能力、提升知识应用能力、提升岗位胜任能力的认同度高于对照组，差异均有统计学意义（均P＜0.05）。结论 临床思维综合训练系统应用于全科规培教学中可有效提升规培医生的自主学习能力和临床思维能力，取得良好的培训效果。