基于EST序列的烟草cSNP发掘

来源 :中国烟草科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ruinx
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SNP标记是一类应用广泛的第三代分子标记。从GenBank下载普通烟草EST序列共计317175条,用CAP3软件对序列进行拼接。设定SNP位点的冗余度大于2,采用AutoSNP软件检测cSNP。结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个SNP位点的共分离分值来评价其可信度。结果表明,317175条普通烟草EST拼接成重叠群中15429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53477个冗余度大于2的候选SNP,烟草中出现SNP的频率为0.34%。其中SNP的转换率大于颠换,插入,删除表现出A/T偏好。这些高质量S
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