我国内外资企业所得税两税合并的立法工作需要继续关注的一个重要问题，是在深入调查和广泛研讨的基础上，进一步明确和坚定立法目标和原则，制定一部符合中国实际、顺应国际潮流的现代企业所得税法。
　　——统一税法。税法统一是法治的基本要求，也是建立现代市场经济的基本条件。内外有别的两套企业所得税制，在纳税人、税前扣除、税收优惠等方面存在诸多不同，违背了法律平等、统一适用的基本原则，不利于保障市场主体平等的法律地位和建立统一规范的税收秩序。应当按照法律统一和税制规范的要求，制定适用于各类企业的统一的企业所得税法。
　　按照立法原则，统一后企业所得税的征收依据将统一为全国人大制定的法律。加上此前已经实行的个人所得税法，我国与私有财产权密切相关的所得税将统一适用立法机关制定的法律。这不仅有助于所得税的执法和司法，而且对全面推动税制的法律化将产生积极影响。
　　——公平税负。按照纳税能力公平分配税收负担，是国家课税具有正当性的理论基础，税负公平被各国普遍确立为制约征税权理性行使、实现税收正义的价值标准和基本原则。我国企业所得税的“双轨制”造成外资企业的企业所得税负比内资企业约高出一倍，不利于企业平等竞争，不符合统筹国内发展和对外开放的要求。应当在纳税人认定标准、税率、税前扣除、税收优惠等方面实行统一政策，特别是要取消对外资不合理、又难以取得实效的税收优惠，优化吸引外资的结构和质量，为内外资企业发展创造公平的税收环境。
　　按照量能课税的要求，实现国家课税的节制和适度，必须合理确定企业所得税税率。面对以减税为特征的世界税改潮流，我们有必要适度降低企业所得税税率，以增强我国税制的国际竞争力，培育市场主体，促进企业发展。
　　——完善税制。要将建立法治、公平、科学、健全的现代企业所得税制作为立法的重要目标。
　　要将法人作为确定企业所得税纳税人的基本标准，推进现代企业制度改革；降低税率，实现税负的适度和合理；按照净所得和费用充分补偿的原则，科学确定和拓宽税基；规范税前扣除，取消计税工资等不合理规定；取消不合理的税收优惠，确立产业优惠的税收政策导向，实行税前扣除、加速折旧等间接优惠方式；采用归集抵免制的方法，解决企业所得税和个人所得税的双重征税和协调问题；明确应纳税所得额的确定，协调所得税会计制度与企业财务会计制度的关系；建立和完善反避税制度，健全征管制度，增强企业所得税法的严密性和实施效果。
　　——促进发展。在税前扣除中，推行加速折旧、投资抵免等间接税收优惠，放宽研发费用的扣除标准，以鼓励企业技术进步和扩大投资，促进企业自主创新能力的提高和创新型国家建设；改变目前的地区优惠和普遍优惠，实行产业导向的税收优惠政策，鼓励对高新技术产业、环保产业、资源节约和综合利用项目的投资，促进经济结构的优化和产业升级；提高捐赠税前扣除标准，鼓励企业从事社会公益活动，促进慈善公益事业发展。