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针对近年来水利科研项目累计结余资金规模大、管理紊乱的状况，为规范水利科研项目结余资金管理，提高资金使用效益和部门预算管理水平，分析了水利科研项目产生结余资金的原因，认为相关制度措施不到位、预算管理粗放、项目承担单位内部控制薄弱和缺乏结余资金管理的激励机制是主要原因。在借鉴水利部项目管理经验的基础上，提出了建立和完善相关制度措施、推动预算精细化管理、健全内部控制制度和建立结余资金激励机制等改进水利科研项目结余资金管理的建议。