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池塘有机污染可分为外源性污染和内源性污染两大类，外源性污染，主要指由池塘养殖过程中施用有机肥、投喂饲料、动物的粪便以及使用消毒剂、抗生素等药物所带来的污染；此外，池塘引进的被有机污染的水也属外源性污染范畴。内源性污染，则是指池塘中水生植物和藻类光合作用所产生的有机物、生物残骸分解所产生的有机物以及气提作用和絮凝作用形成的颗粒有机物等。