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杂种优势是生物界的一种普遍现象，杂种优势遗传基础的研究受到了广泛的关注。近年来，随着DNA分子标记的发展和应用，杂种优势的遗传研究取得了许多有意义的进展。在综述了杂种优势遗传基础经典理论和假说的基础上，概括了利用分子生物学手段解释杂种优势遗传基础的一些新见解，如：上位性效应、遗传差异、QTL效应、基因表达调控、基因组的杂合性、遗传振动合成、基因网络系统、基因结构变化、基因组互补、遗传平衡、活性基因效应等理论或假说，并列举了部分理论及假说的分子遗传学证据。