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基于演化博弈的分析方法，针对财政科技经费监管工作引入第三方机制后监管方与被监管方可能产生的合谋问题，构建了政府部门、第三方机构、科技经费使用者行为策略选择的博弈模型，探究政府部门管理成本、惩罚力度以及信息透明度对第三方机构监管合谋行为的影响机理。研究发现，政府部门加大对合谋行为的惩罚力度、使合谋成本远大于合谋收益是杜绝该类问题的关键；同时，提高财政科技经费管理的透明度、强化社会公众监督对合谋行为具有明显抑制作用。