菌群移植（FMT）作为一种新型的重建肠道菌群的治疗手段，近年来受到国内外学者的广泛关注。美国胃肠医学会难辨梭状芽孢杆菌治疗指南推荐，FMT可作为复发性难辨梭状芽孢杆菌感染（CDI）治疗方案。近年来，FMT治疗领域扩展到了炎性肠病（IBD）、肠易激综合征（IBS）、慢性便秘及其他疾病，研究结果均显示有一定疗效，后续会开展更多关于上述疾病的基础与临床研究以验证疗效。作为一种古老而又新颖的治疗技术，FMT还存在诸如供体选择、粪便样本标准化处理、FMT移植途径建立等方法学问题需要完善。相对于FMT临床应用的快速发展，评估安全性的研究相对滞后。FMT存在的不良反应可以分为短期和长期，其中短期不良反应又可以分为移植途径引起的以及FMT自身引起的；长期不良反应包括FMT相关的病原体传播及肠道菌群改变引起的相关疾病。总结我们团队肠功能障碍诊疗的经验，即利用FMT、益生菌、益生元及营养支持治疗等技术，来改善患者肠道功能及微生态环境，从而实现对肠道内外疾病的有效治疗。这种新型的疗法我们命名为肠道微生态治疗，基于对肠道菌群在人体疾病中作用的认识，该疗法必将会给肠功能障碍疾病的诊疗开创新的局面。