课程改革对教师素质提出了新的要求，教师要适应新课改，必须要在新课程改革的不断推进中获得发展。在这种实践背景下，校本科研成了我国教育界备受关注的问题，校本科研以其多元的性格、实践的取向赢得了广大教育工作者特别是一线教师的认同，成为教师专业发展的一条重要途径，原来的“星星之火”现已发展为“燎原之势”。然而，由于认识层面和政策引导等方面的失当，校本科研在实践中产生了种种问题，让人们感受到校本科研的种种尴尬。
　　
　　问题一：没有“主课题”的研究
　　
　　课题是教育科研工作的龙头和载体，没有课题就没有真正意义上的教育科研。因此学校要有一个以整体发展为依托，全面带动学校工作的、具有全局性和指导性的主课题，并在实施中需要将主课题分解成若干个子课题，组成一个网络，它需要学校全体教师的参与。
　　校本科研本身呈现开放与多元的态势，具有群体性和多元性的特征，因此校本科研不仅主张教师个人投身于教育科学研究，而且更加主张整个教师群体的共同参与。由于不少学校管理者缺乏必要的科研素养，便不能以一种战略的眼光来谋划学校的发展，许多领导言必称“校本”，却不知校本科研的出发点和归属点，在很大程度上是立足学校自身，为了改进学校的实践，促进学校的发展，全面提高学校的办学质量，因此不能以“主课题”带动战略来实施校本科研。教师在日常的教研活动中，基本上是“各自为战”式的，与其他教师的教学研究相互隔离，而不是相互依赖，研究不是全校教师的共同参与，而只是课题组内几个人的事情，绝大多数教师滞留在科研的门外。所以我们认为，在新课程背景下，必须实施“主课题”战略，促进教师合作，使之真诚地交流、对话、沟通、协调、合作，共同分享经验与成功，惟有如此，教师们才可互相学习，彼此支持，共同成长，校本科研才真正落到实处。
　　
　　问题二：没有“实践”的研究
　　
　　教师的育人活动是一种特殊的改造世界的活动，这一活动是在学校的实际情况下进行的，这一活动情境是不断变化的。教师会时时面临着这样或那样的教育实际问题，需要通过教师自己的科学研究来解决。因此，教师作为教育过程的当事人，他的研究要与革新行动融为一体，他要全身心地“体验”，对自身教育活动的意义、价值、运作方式等不断地加以“解读”、选择与创造，而不是置身于教育过程之外。如做不到这点，作为一种实践活动的教育研究从总体上说就不可能是名副其实的教育研究。
　　用一种实践性研究的观点来剖析今天的教师研究可以发现，今天的教师研究的最大误区在于它脱离了实践性。从目前教师研究状况来看，大部分教师对教育科研的意义还缺乏深刻的认识，认为教师科研就是“写文章、做课题研究”，许多教师搞科研不是为了指导自己的教育实践，而成为了晋职评优的“敲门砖”。许多学校为了包装自己，申报示范学校，也热衷于申报课题，但重申报轻过程研究，而结题时，便忙于找关系发表几篇做假文章。教育科研成了装点门面的好看而不实用的“塑料花”。因而他们在选题时，不能结合本校的实际问题和教育教学中的问题进行研究，理论与实践严重脱节。于是我们不难看到这样的现象：研究不是在教育教学中进行，而是在教育教学之外搞“专门研究”；研究的结果不是学校教育教学实践的改进，而是一堆不甚严肃的论文、著作的发表。这样的研究摆在面前，难怪人们会问：校本科研何以必要和可能？
　　
　　问题三：无“过程”的研究
　　
　　目前“科研兴校、科研兴师”的观点在教育实践中已出现“全面化”和“制度化”的倾向。中小学教育研究被列入学校评重点评现代化和个人晋职评优的指标。重视的是校校有课题、人人搞科研等形式。这些研究者的兴趣和精力主要用于课题申报，为了应对课题的检查与验收精心包装所谓的显示性成果，而不是为了改造教育和教学。这仅需要课题申报获准立项、结题报告通过鉴定、研究成果包装到位即可有效对付评估或评价而顺利通过。评估的主要内容是课题的承担情况和论文的发表情况，重量轻质，至于教师是否搞科研、是否研究教育的实际问题，却与评估或评价无关了。因此许多所谓的课题研究在申报、开题时轰轰烈烈，积极性很高，研究过程却冷冷清清，不注重在研究过程中的发现和创造，没有开展任何实质性的研究行动，在课题研究结束时，提交一篇结题报告、几篇发表的论文便匆匆了事。
　　研究是一项需要长时间投入的工作，要求教师不断地设计、反思、总结。校本研究有从发现与提出问题、确定研究课题、设计研究方案、收集并分析资料，到得出结论、撰写研究报告或论文或体会，以及研究结果的应用等一整套过程。它不但需要必要的研究技术和理论知识，而且更需要研究的热情。由于教师的能力素质参差不齐，必然会有一些不具备基本的素质要求、缺乏研究热情的教师，要进行研究却不知从何做起，最后通过各种方式拼凑一篇论文了事。这种所谓的研究，既没有对自己实践中的问题进行反思与分析，也没有采取行动对问题进行干预，因此我们认为，这种研究是没有过程的研究，它与校本研究的旨趣相去甚远。整个研究过程虚假成分太多，缺乏应有的监控机制，因此要构建课题研究从选题、申报、实施到课题评审、成果推广一套完备的课题管理制度是提升教育科研水平和效益的重要保证。
　　
　　问题四：无“反思”的研究
　　
　　反思是指人对自己的行为以及由此产生的结果进行审视和分析的过程，本质是一种理解和实践之间的对话。反思是“专业人士”表现出来的一种素质，反思是“专业”生活方式的一部分。教师对自身教育教学活动的研究是建立在“反思理性”的基础上的。这种反思理性是对事物认识的再认识，是一种反省和评价，它注重目的和价值的反思，而不仅仅是手段和效益。也就是说，反思理性主要是一种“价值理性”，而非“技术理性”“功用理性”。建立在反思理性基础上的教育研究本质上是追求更为合理的教育教学实践的过程，它旨在使教师获得一种内在启蒙和解放的力量，打开新的思考维度和新的探询方向，增强实践能力和自我超越的能力。
　　中小学教师长期从事教育实践，可能缺少一种研究的距离感，所以对很多教育问题见怪不怪，习以为常，很少有人检讨自己的问题。有的教师虽也搞了一些专题研究，但由于缺乏对自己教育教学的反思，研究往往是随意的、零碎的、肤浅的，科研水平不高，而且相当一部分属于重复研究论证，少有发展和创新，或者虽然在实践中做了有益的探索，也取得了较好的效果，但长期停滞在粗浅的经验总结上，缺少反思的深度，因而价值不高。
　　自我反思是开展校本研究的基础，教师的反思过程可以使教师在整个教育教学中充分地体现双重角色，既是引导者又是评论者，既是教育者又是受教育者。帮助教师在劳动中获得理性的升华和情感的愉悦，提升自己的精神境界和思维品位，进而改变教师自己的生活方式，使教师体会到自己存在的价值和意义。