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西南林学院自2000年启动了包括重点学科建设在内的“四重”建设工作以来，学科建设取得了较大突破。现有国家林业局重点学科2个：即森林经理学和城市规划与设计（含风景园林规划与设计）；云南省挂牌省级重点学科5个：即野生动植物保护与利用、木材科学与技术、森林保护学、森林培育和园林植物与观赏园艺；省院省校合作共建省级重点学科2个：即环境科学与森林培育。