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针对编队卫星自主定轨问题进行了研究，设计了一种完全不依赖于地面站和GPS系统的自主导航方案。利用星间测量信息进行卫星编队相对轨道状态的自主确定；并在利用磁强计进行卫星绝对轨道自主确定的基础上，引入星间测量信息提高绝对定轨精度；设计扩展卡尔曼滤波器进行卫星编队轨道状态估计，数学仿真结果验证了这种导航方案和算法的有效性。