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基于协同学理论,比较研究东部省（市）“科研机构基础研究与产业结构升级”复合系统协调度。结果表明,以2002年为基年,除了上海和江苏,其他省（市）协调度均为正值,呈向有序状态发展,但协调度均值均处于较低发展水平,仅北京、河北、浙江和福建4个省（市）的均值高于全国水平。通过对其影响因素研究发现,产学研合作对协调度产生显著的负向影响,人力资本水平、企业吸收能力、科技基础设施均对协调度产生显著正向影响。