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利用重亚硫酸盐测序法,对适于三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）线粒体基因组甲基化分析的BSP（Bisulfite sequencing PCR）引物进行了筛选,在设计的21对引物中,获得了12对BSP引物。利用这12对引物分析了三疣梭子蟹海州湾群体（江苏连云港）和莱州湾群体（山东东营）线粒体基因组本底甲基化水平,结果表明：海州湾群体不存在甲基化现象,莱州湾群体发现了2个个体在ND2基因（NADH脱氢酶亚基2）位点存在甲基化现象;在存在甲基化的个体中,甲基化类型主要为CHG和CH