为了解2016年黑龙江省猪场内猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行与变异情况,试验利用RT-PCR方法对采自黑龙江省的29份腹泻仔猪的小肠组织样品进行检测,针对PEDV S1基因进行扩增及测序,构建系统进化树,并对其进行系统进化性分析和氨基酸序列插入或缺失突变分析。结果表明:10个S1基因测序成功,鉴定毒株间核苷酸序列同源性为96.2%~99.7%,推导出的氨基酸序列同源性为96.2%~99.5%;与已知的中国HGC-01-2015、FJ-FQ 2014野毒株和美国高致病性毒株USA/Colorado/2013同源性较高,而与经典毒株CV777、中国早期毒株同源性较低;以S1基因构建系统进化树,主要分为GⅠ群和GⅡ群,新鉴定的10株PEDV毒株均属于GⅡb亚群的non S-INDEL型毒株,与经典毒株CV777及亚洲其他地区毒株、欧洲毒株分属于不同亚群;鉴定毒株与亚洲地区常用疫苗株相比,存在相同的突变位点,并集中在S1蛋白的N末端结构域。