目的 寻找金黄色葡萄球菌基因组进化相关的关键基因.方法 利用含有2457个金黄色葡萄球菌基因的比较基因组芯片对23株不同时间、不同地点分离的ST239-spa t037和ST239-spa t030的甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant S.aureus,MRSA)进行比较基因组分析,鉴定差异区段,并利用PCR验证差异基因.结果 通过对北京地区MRSA早期克隆(ST239-spat037,1994-1998年)和晚期克隆(ST239-spa t030,2000-2006年)的比较基因组分析,发现4个基因簇仅存在于晚期克隆,主要定位于3个已知的基因组岛(vSa4,前噬菌体ΦSa1和ΦSa3).不同地区的ST239-spa t030 MRSA的比较基因组分析发现:在不同地区的菌株中有8个基因存在差异.结论 北京地区MRSA从t037进化到t030的过程中获得3个基因组岛(vSa4、前噬菌体ΦSa1和ΦSa3),从而增强了ST239-spa t030 MRSA的毒力和适应性,对其取代ST239-spa t037 MRSA发挥关键作用。