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用目标起始密码子多态性（start codon targeted polymorphism,简称SCoT）分子标记对化州柚及其近缘种进行鉴别研究。为构建适合化州柚的SCoT-PCR最佳反应体系,对PCR体系的5大要素采用L_（25）（5~6）表设计正交试验,得到最佳20μL反应体系：3 mmol/L Mg~（2＋）、0.25 mmol/L d NTPs、0.75 U Taq酶、0.4μmol/L引物、50 ng DNA。从36条引物中筛选出6条多态性明显的引物并优化其退火温度。最后用优化的6条引物对25份