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经调研，日本没有直接称为“科学家工作室”的组织运行机制，但日本政府打造“世界顶尖研究基地”和建立“首席研究员资助制度”的做法与我国“科学家工作室”建设工作类似。日本政府多采取以计划项目。资助方式来推进重点研究，同时达到培养顶尖科技人才目的的做法。日本的“世界顶尖研究基地计划”和“最尖端研发支援计划”，实行“研究基地”和“首席研究员及研究课题”的产生机制，制定“基地主任”和“首席研究员”的遴选条件以及相关的运行管理办法和保障措施，这些对我国科学家工作室建设工作具有重要参考价值。