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疾控中心是我国预防和控制疾病的重要部门，属于卫生事业单位，县级疾控中心资金多数属于财政差额拨款。目前，我国县级疾控中心的财务管理工作存在着一些问题，主要是内部控制较弱。本文分析了目前我国县级疾控中心财务管理的现状，针对这些问题，分别从内控制度意识、制度健全、信息化、财务管理人员素质和物资安全制度等几个方面详细阐述了如何建立健全县级疾控中心财务管理中的内部控制，保证县级疾控中心财务工作顺利进行，适应时代的发展。