中药复方作用机制十分复杂,在分子水平,中药复方强调多组分多靶点协同作用。虽然疗效显著,但中药成分多样,与人体相互作用非常复杂,很难揭示其分子作用机制。目前,研究中药复方药理机制的方法非常多,大致可分为化学研究、靶点研究和基于系统生物学的研究3种模式。这些方法虽然在一定程度上从动物、细胞及分子层次阐释了中药复方的作用机制,但仍然存在局限性和不足。近年来网络分析方法的提出,为多组分多靶点协同的中药药理机制提供了全新思路,但实际应用中,网络分析方法尚存在难点和不足:数据量大,生成网络极为复杂;模块识别方法众多,模块优化存在问题;缺少动态连续的定量研究。因此,为有效地寻找中药多靶点作用间的关系,笔者提出一种新的模块分析框架,模块结构的识别有助于大网络的降维和简化,探索模块结构是突破药物和疾病证候相关生物网络的关键环节。该框架包括模块识别,模块识别结果的判断和优化,模块结构相似度计算,模块功能富集分析4个步骤。基于模块层面的分析方法为研究多组分多靶点中药药理作用机制提供了新思路和新策略。