农用地整治分区是土地整治规划的重要内容，合理的分区是农用地整治项目配置、工程模式选择的基础。在新时期，土地整治成为破解农业现代化发展制约因素的重要手段，而现有的农用地整治分区研究较少考虑现代农业发展对土地整治提出的新要求。基于此，从自然条件、社会经济条件、土地利用条件、现代农业发展水平4个方面选取19个影响重庆市农用地整治分区的指标，采用因子分析法、聚类分析法将重庆市除渝中区、江北区、大渡口区3个基本城市化区域外的35个区（县）划分为6个整治分区。在综合分析各区域土地整治基础条件、特色农业产业、现代农业发展制约因素和发展方向的基础上，提出相应的农用地整治战略及工程配置，在一定程度上体现了区域差异和地方特色，以期为重庆市土地整治规划、农用地整治项目配置提供理论依据和战略性建议。