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籼粳交F1株高、生育期超亲、结实率低、子粒充实度差是长期困扰水稻(Oryza sativa L.)亚种间杂交育种的几大难题。通过对水稻籼粳指数鉴定方法的发展、遗传距离与杂种优势关系的研究进行总结,并结合株高、抽穗期、育性基因及库源关系等方面的研究进展,讨论分子标记方法在水稻育种工作中的应用前景,以期为水稻籼粳亚种间杂种优势利用提供一定的参考价值。