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针对DNA片段拼接中的重复序列识别及屏蔽问题，提出一种预归并重复序列屏蔽方法。在片段拼接前通过扫描子串标识出可能存在重叠关系的shotgun片段，利用子串归并该相关片段，标识出重复序列的位置信息，达到屏蔽的目的。计算机模拟分析表明，该方法识别重复序列的错误率低，通过预归并有效缩减了shotgun集合的规模，降低了拼接时的计算复杂度。