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杂交水稻Ｆ１和不育系虽然在种性上分别具有杂种优势和不育特性，但就种子而言，其特征特性劣于常规水稻种子。主要表现为裂颖、穗发芽及带病种子的百分率较高。种子颖壳闭合不好的主要原因是不育系颖花内的浆片和小穗轴的维管束发育不良。种子的穗发芽率与“九二０”的施用量呈显著正相关（ｒ＝０．８６４０＊）。不育系的开花习性有利于种子感病。研究表明，裂颖、穗发芽和感病种子的耐贮性明显较正常的健壮种子差。在贮藏期间，种子的生活力与活力容易下降。因此，在种子生产中要控制这些种子的发生率；种子收获后要及时干燥、清选和处理。