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目前应用的疫苗主要是以减毒、灭活的病原体及其抗原成分（亚单位疫苗）为基础，存在生物危害性和遗传变异致使原疫苗效力丧失等问题。而且传统的疫苗无法对大多数肿瘤及HIV、HCV、结核杆菌等几种难以克服的传染性疾病实施有效的治疗和预防。随着生物化学、分子免疫学技术及基因工程技术的发展，表位疫苗的出现弥补了传统疫苗的一些不足，尤其在诱导细胞免疫方面，减少了疫苗毒副作用，提高了安全性，增强了免疫针对性。目前，表位疫苗在避孕、传染性疾病、恶性肿瘤疫苗等方面已成为研究的热点。