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以192份玉米品种为材料，用7对SSR引物对毛细管电泳荧光检测和常规的变性PAGE银染检测两种SSR标记检测方法进行比较分析。结果表明，两种方法检测的SSR标记片段大小一致。毛细管电泳荧光检测法检测的结果更为精确、灵敏、高效。更适用于高通量材料的检测分析。对少量材料进行检测分析以及SSR标记的筛选时，使用常规的变性PAGE银染检测法更经济适用。