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目前已经在100多种纤毛虫中观察到细菌、藻类和其他微生物等共生体。对纤毛虫中宿主-共生体系统的研究表明，双小核草履虫中卡巴粒的遗传为细胞质遗传理论提供了例证；含细菌共生体的许多厌氧纤毛虫无线粒体，共生体对宿主代谢有重要作用；尾草履虫-钝状全孢螺菌共生作用中，共生菌感染形式的39kDa、15kDa周质蛋白可分别与IF-3-1、IF-3-2两种单抗反应，其共生体早期感染过程中两种抗原的量发生显著变化，并且共生体生殖形式选择性地合成63kDa蛋白质，该蛋白质可能是与共生作用有联系的关键分子；绿草履虫-小球藻共生