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IC卡按结构可分为存储卡和微处理卡（CPU card）两大类。而逻辑加密卡与普通存储卡相比，其内部结构更加复杂，存储区可以分成卡片设置区和应用区两部分。卡片设置区内存放与卡片厂商及发卡者相关代码和卡片密码；应用区又可以根据需要分为不同的分区。逻辑加密卡的安全性相对较高，体现在：卡片设立主密码、每个应用分区具有各自独立的操作密码。逻辑加密卡主要控制作用是：对数据存储区开放／关闭的控制；对数据存储区读／写的控制；对数据存储区擦除操作的控制以及对密码校验和错误次数计数及锁闭功能控制。