【摘 要】
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分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较
【机 构】
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山西农业大学农学院,西北大学生命科学学院
【基金项目】
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山西省重点研发计划(编号:201603D221003-2)
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分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息,为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估,再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤,利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装,之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估,并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame,简称ORF);利用MicroSAtellite(MISA)软
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