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目的了解杭州市手足口病病原谱流行特征及柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因变迁规律。方法采集杭州市2011-2013年手足口病患者的2 197份临床标本,用通用引物进行肠道病毒实时荧光定量RT-PCR检测,对阳性标本进行分型,对部分CA16感染阳性重症患者标本测定VP1基因序列并进行同源性比对和系统进化树分析。结果杭州地区肠道病毒通用型核酸检出率为56.0%(1 317/2 197),肠道病毒71(EV71)、CA16和其他肠道病毒的检出率分别为24.1%(530/2 197)、13.9%(3