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区域创新发展对区域制度提出了巨大挑战，只有高效率制度主导系统创新的区域才能提高竞争力；只有充分认识并有效发挥政府在区域制度创新中不可替代的主导作用，提高区域制度创新对区域经济发展的贡献度，才会积极推动区域经济发展。在区域创新系统中，制度创新是影响系统运行的主要因素，有效的制度安排会促进经济增长，否则会阻碍经济的增长。