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从株展最宽、单果长、叶长、心室数、果肉厚、种子数等农艺性状对2个朝天椒品种进行了比较分析，结果显示所考察的14 个性状，除株展最窄与心室数2性状在2品种间没有显著性差异外，其他性状在2品种间的差异都达到极显著水平。通过RAPD引物的筛选及RAPD反应体系的优化，分别找到了12个与2品种特有农艺状状紧密连锁的分子标记，构建了地方朝天椒品种的特有指纹图谱，有利用于从分子水平对两品种进行准确区分，为特有地方辣椒品种的保护提供了参考。