以油茶(Camellia oleifera Abel.)主产区的109个种质材料为试材,采用简单序列重复区间分子标记(ISSR)和非加权组平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析,研究了这109个油茶种质材料遗传相似系数及亲缘关系分析,并构建了其进化树关系。结果表明,(1)从49条ISSR引物中筛选出23条能够扩增出清晰,稳定条带的引物,23条引物共扩增出487条带,其中多态性条带有335条,多态性条带比率为68.79%;(2)应用NTSYS2.10e软件对扩增结果进行UPGMA法聚类分析,109个油茶种质材料的遗传相似系数从0.61到0.93;(3)油茶种质资源丰富,遗传相似系数在0.735时,可将109个油茶种质材料划分为11个类群。类群I包括79个种质材料,该类群在相似系数为0.75处又可划分为7个亚类群,且这些油茶种质材料间的亲缘关系较近。但由聚类分析划分的油茶类群来看,这些油茶材料的遗传背景又比较复杂,具有丰富的遗传多样性。分析结果可为油茶主产区的品种资源开发、基因资源保存、后期品种审定及鉴别提供理论依据。