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目的
对上海市柯萨奇病毒A6型(CVA6)流行株的基因进化和选择压力进行分析，为今后手足口病的防治提供理论依据。
方法选取美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库中的CVA6参考序列，与2011—2015年上海地区CVA6流行株的VP1基因序列进行比对，采用MEGA软件构建进化树；扩增2014—2015年上海地区CVA6流行株的全长基因序列，采用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值，用Datamonkey在线软件预测正向选择位点。
结果基于VP1基因序列的进化树显示2011—2015年上海地区的CVA6流行株为D3、D6和D7亚型，2014年后为D7亚型。氨基酸置换熵值计算共获得39个熵值>0.6的位点。选取FEL和IFEL模型分析分别发现3个和4个正向选择位点，VP1的595位和3D区的1 999位为分析获得的共同氨基酸变异位点。
结论2014—2015年，上海地区流行的CVA6属于D7亚型，VP1区未出现显著的基因变异，应继续保持对上海地区CVA6的基因进化趋势研究并密切关注基因变异情况。