牡丹EST序列中的微卫星分析

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NCBI的dbEST数据库中2 204条牡丹EST序列经过预处理获得2 048个高质量的序列,经拼接,获得318个Contigs和636个Singlets。其中142条拼接序列共检测出167个微卫星(简单序列重复,SSR),平均1.18个SSR/Contig或Singlet。这些微卫星从二至四核苷酸重复都有出现,二、三核苷酸重复类型占多数(97.61%),其中二核苷酸重复为46.71%,三核苷酸重复为50.90%。二核苷酸重复类型中出现最多的是AG/TC和GA/CT,分別占SSR总数的20.36%和16.
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