中医药学是一门自然科学,和其它科学一样,只要他"在思维着,其发展形式就是假说"。假说的基本特征是它的科学性、假定性和可验证性。由于假说大多是在实验前提出来的(科学假说的前设),但在如今大量的生物医学研究中,往往是在观察到事实的基础上提出假说用以解释已经发现的事实,即科学假说的后立,中药药理学就是这样一个中医药学中假说后立的研究。由于多种原因,中医药学有时往往缺少客观的、足够的、翔实的观测事实以作为提出假说的基础,而中药药理学由于其现代科学所赋予的科学性、假定性和可验证性,因而自然地担当起中医药学现代化的极其重要的一个补充,除了验证传统医学中的经验、理论并加以发展和深化之外,许多药物中新发现的作用、作用机制及相关理论都是由中药药理学完成。事实上中医药学本身就是一个开放系统,他把传统药物、民间药物和外来药物以及传统中药、现代中药和创新中药以疾病治疗为首要条件的一种体系,即以功效为中心的理论体系。中药药理学除了现代科学研究方法之外,在"发现科学"和"转化科学"的大科学大发现时代,还要强调应用"传统"的研究方法及其发展,以便从真理解其科学精髓并加以继承和发扬,特别是在整合论和还原论,以及从简单向复杂、从线性向非线性、从整体向分形,用复杂性思维代替简单性思维的时候。