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蛋白质结构预测是生物信息学研究的重要问题，而蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的关键步骤。文中通过BLAST工具得到Identity小于等于35％的46个蛋白质复合物的单链作为数据集，分别采用5位编码和Profile编码，通过不同大小的滑动窗口，对蛋白质二级结构进行预测。实验结果显示，富含“生物进化信息”的Profile编码有着明显的优势，各种精确度均得到了较好的结果，尤其是精确度QE明显高于5位编码的QE。