为了解某猪场猪圆环病毒2型(PCV-2)的流行及毒株基因组变异情况,应用PCR方法从6个疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)病死猪的心脏、淋巴结、脾脏和肺脏等病料中进行猪圆环2型病毒的检测,并对阳性病料进行PCV-2全基因组的扩增,将成功扩增到的6株PCV-2全基因组克隆到pMD-18T Simple Vector,构建重组质粒。对全基因组进行测序,然后对全基因组进行同源性、遗传进化、重组以及毒力分析。结果表明,6株PCV-2基因组长度均为1 767bp,与参考序列的同源性在88.1%~99.6%之间,并且LNF3、HEBF5和HEN65为PCV-2b1C基因型,LN51为PCV-2b1B基因型,HEN60株为PCV-2b1A基因型,HEBF7属于PCV-2a,但不属于任何亚型,可能为PCV-2a向PCV-2b的过渡株。利用重组分析软件RDP4.25和SIMPLOT3.5.1分析,表明LN51株可能来自PCV-2a2A和PCV-2b1A基因型的重组。根据PCV-2Cap的76位和131位氨基酸残基,有5株符合强毒特征(76I、131T),而HEBF7株存在强、弱毒的特征。本研究为我国PCV-2流行株的分子特征研究提供了参考。