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推进主体功能区建设是“十一五”规划在统筹区域协调发展方面的创新举措。在实践过程中,必须妥善处理好主体功能区的主体功能与非主体功能、主体功能区划与地理区划、主体功能区的不同空间层级之间,以及主体功能区划与区域规划的关系,并积极探索符合社会主义市场经济本质要求的主体功能区管治模式,以及优化开发区、重点开发区同限制开发区、禁止开发区之间的财政转移补偿机制。