现存明代起居注共有万历、泰昌、天启三朝,它们是研究明神宗、明光宗和明熹宗在位期间历史的珍贵资料。但只看其《万历起居注》、《泰昌起居注》和《天启起居注》之书名,易误认其是分别记载明神宗、明光宗和明熹宗在位期间全部言行之书。实际上它们只分别记三个皇帝处理朝政的活动,而不记他们在宫内的生活起居。记宫内生活起居者是另外一种今已失传的内起居注。另外,由于明代内阁大学士在体制上不同于他朝之宰相,他们的身份类似皇帝的秘书,因而上述起居注将大学士帮助皇帝处理政务而撰写的本章等,也纳入其记载对象之中,这又是一个极易被误解的方面。由于明光宗只在万历四十八年七至八月执政一月余即死去,打乱了明朝新老皇帝交替时从第二年更改年号之惯例,从而造成起居注书名中的年号与使用此一年号的皇帝互有错位,这是明代起居注易于被误解的第三种情形。