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以2012—2016年综合类国家示范高职院校的科技投入产出数据为基础,基于三阶段DEA模型,研究高职院校科技投入产出效率问题。研究结果表明:(1)剔除环境和随机因素的影响后,各个综合类国家示范高职院校的科技投入产出综合效率有明显的上升;(2)地方财政科学事业费支出占地方财政一般预算内支出的比重和高职院校所在城市的人均科学支出对全时当量人员的投入冗余和当年内部支出的投入冗余是正向有利因素,而所在城市的人均GDP对全时当量人员的投入冗余是正向有利因素,对当年内部支出的投入冗余是负向不利因素。基于此,指出外部环