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本文概述了以边合成(或连接)边测序为特征的新一代测序技术的基本原理以及现有的Roche(454)GSFLXsequencer、Illumina genome analyzer(Solexa)、Applied Biosystems SOLiDsequencer、HeliScope Sequencer等4种新一代测序平台的发展历史、测序流程、优缺点和测序成本等,并展望了新技术的发展可能对以水稻为代表的农作物大规模分子设计育种产生的影响。本文还提出通过对水稻核心种质育种材料体系的全基因组测序,开发功能性分子标记