目的探讨长链非编码LncRNA和mRNA在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)转录激活过程中的表达情况。方法从公共数据平台Gene Expression Omnibus(GEO)下载HIV相关LncRNA+mRNA基因芯片数据集GSE74818。对其中感染时间在18h和30h的芯片探针进行重新分析,筛选出HIV从整合到基因组中到转录形成成熟病毒这一过程中差异表达的LncRNA和mRNA。采用R软件Limma包分析LncRNA和mRNA基因表达谱。结果从经过归一化、过滤和去除重复探针后筛选出1 366个差异表达基因,其中LncRNA 297个,mRNA 1 069个。LncRNA中表达上调的有188个,表达下调的有109个。mRNA表达上调的有530个,有539个表达下调。对差异表达的mRNA进行GO基因富集分析发现,在生物学过程中:主要富集在核小体、染色质组装、核小体组织、负性正性基因表达调控、表观遗传、染色质沉默等条目中;在细胞组分过程中:主要富集在核染色质、蛋白-DNA复合物、核小体、DNA包装复合物等条目中;在分子功能过程中:主要富集在蛋白异二聚体激活、核小体DNA结合条目中。KEGG pathway富集分析结果显示:差异表达的mRNA主要富集在系统性红斑狼疮、类固醇生物合成、酒精中毒、病毒致肿瘤、P53信号通路等中。结论 HIV从整合到基因组到形成成熟病毒这一过程中存在LncRNA和mRNA的差异表达,差异表达的RNA主要涉及到基因的转录调控过程和免疫通路调控过程。