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农民生态农业营运能力开发主体包括政府、农民自治组织、涉农企业，他们的职能各有定位。农民生态农业营运能力开发体系的组织结构主要有政府＋农户、公司（机构）＋农户、政府＋公司（机构）＋农户、农民自治组织＋公司（机构）＋农户、政府＋农民自治合作组织＋公司（机构）＋农户等几类，可按照生态链、价值链、供应链进行优化。