目的了解2014年重庆地区手足口病的流行特点和分子生物学特征。方法收集2014年重庆医科大学附属儿童医院门诊传染病报卡的手足口病病例和住院的手足口病病例,描述性分析其流行病学特征;对住院并采集了粪便标本的手足口病病例,以RT-PCR方法行肠道病毒DNA扩增和鉴定并测序分型,构建系统进化树行分子流行病学分析。结果19 207例手足口病患儿进入流行病学特征分析,男∶女为1.5∶1,以散居及幼托为主(97.9%),发病中位年龄2.1岁(1 d至17岁),5岁以下患儿占94.2%;呈现4~6月和9~12月2个流行高峰,分别占全年发病的36.9%和52.8%。364例住院且行病原学检测阳性的手足口病病例进入病原学和分子流行病学分析,其中239例为重症病例,EV71感染占64.4%;单纯EV71 195例(53.6%)、单纯CA16 18例(4.9%)、单纯CA6 23例(6.3%)、单纯CA10 6例(1.6%)、混合感染45例(12.4%)、其他肠道病毒77例(21.1%);EV71在1~6月检出率高,CA6在9~12月检出率高,EV71/CA6混合感染占9.3%。病毒序列分析显示2014年重庆地区分离到的EV71属于C4a亚型,CA16为B1b亚型,CA6与日本及西班牙等地的代表菌株同源性较高,CA10与中国其他地区流行株同源性较高。结论 2014年重庆地区手足口病流行呈双峰模式,发病人群以5岁以下散居及幼托儿童为主。手足口病流行的病毒株为EV71 C4a亚型和CA16 B1b亚型。