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国库集中支付制度有着深厚的理论渊源,是基于公共财政理论、委托代理理论、信息不对称理论等的必然选择.国库集中支付改变了高校财政性资金的管理方式、支付方式和监督方式,财政国库改革的不均衡性致使高校资金结算困难重重,资金统筹安排的基础被破坏,理财职能大幅削弱,结算的效率和质量明显降低.因而需要建立与国库集中支付制度改革相配套的结算制度体系;转变资金结算运营模式,重新定位结算部门职能;调整与银行合作的方向,提高自有资金占比;提升参与人员的政策水平和业务能力.