采用PCR产物直接测序法获得圆斑星鲽(Verasper variegatus)和条斑星鲽(V.moseri)线粒体基因组的全部基因序列,并从GenBank中下载已知分类地位相关鱼类的线粒体基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列,用蛙、鸡、牛做外群,采用NJ和MP法,重建鱼类的系统发育树。通过计算各个基因在重建系统发育树时的准确率,估算该基因所含有的系统发育信息。结果表明,从氨基酸序列和核苷酸序列以及在目、科、属综合分析,这些基因的系统发育信息大致分为好(16SrRNA、ND2、ND4、12SrRNA、ND6、ND5)、中(Cytb、COII、COIII、ND1、COI)和差(ND3、ND4L、ATP6、ATP8)3个组。在目阶元,当用核苷酸序列分析时,12SrRNA、16SrRNA、COII、ND4、ND5和ND6最好,COI、COIII、Cytb、ND1和ND2为中等,而ND3、ATPase6、ATPase8和ND4L最差。当用氨基酸序列分析时,ND4和ND5最好,ND1、ND2、Cytb、ND6、COI、COII和ND4L为中等,ND3、ATPase6、COIII和ATPase8最差。在科阶元,当用核苷酸序列时,12SrRNA、16SrRNA、ND2和ND6系统发育信息最好;用氨基酸序列时,Cytb和ND2最好。在属阶元,所有基因的核苷酸序列都具有很好的系统发育信息,而COII、ND4L、ND1和ND3的氨基酸序列系统发育信息最差。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鱼类系统进化关系。