联合应用RNA-seq和ATAC-seq寻找FOXQ1转录因子的下游靶基因

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【摘要】

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结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)是一种全球高发的恶性肿瘤,发病原因复杂且预后较差。近年来发现叉头框Q1(Forkhead box Q1,FOXQ1)基因作为一类核转录因子在结直肠癌中高表

【作者】

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伊梦杰张锦锦郭强唐慧

【机构】

：

昆明理工大学医学院,云南省第一人民医院,中国科学院昆明动物研究所

【出处】

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生物信息学

【发表日期】

：

2019年4期

【关键词】

：

ATAC-seq RNA-seq 结直肠癌靶基因

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目(No.81502556,81860522);云南省卫生和计划生育委员会医学学科带头人培养基金(No.D-201642);云南省临床病毒学重点实验室基金(No.2018DG010);昆明市肿瘤分子与免疫防治重点实验室基金(No.2018-1-A-17334)

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结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)是一种全球高发的恶性肿瘤,发病原因复杂且预后较差。近年来发现叉头框Q1(Forkhead box Q1,FOXQ1)基因作为一类核转录因子在结直肠癌中高表达,可控制下游基因转录活性。本实验拟探究CRC细胞中FOXQ1的转录调控功能并寻找其下游基因。方法:(1)构建低表达FOXQ1基因的稳定转染CRC细胞株;(2)应用RNA seq检测FOXQ1敲低前后表达量显著差异的基因;(3)应用转座酶可接近性核染色质区域测序分析(Assay for Trans p

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