目的建立基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption lonization-time of flight mass spectrometery,MALDI-TOF MS)快速鉴定和聚类分析铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,P.aeruginosa)。方法将全自动微生物分析仪鉴定为P.aeruginosa的20株分离株和1株标准菌株(CICC 21636)进行MALDI-TOF MS检测。经离线微生物鉴定软件分析,所有菌株均报告为P.aeruginoa。获取21株P.aeruginosa的特征蛋白质指纹图谱,建立命名为Pseudomonas aeruginosa的自建数据库,并采用P.aeruginosa标准菌株CICC 21636进行验证。结果 Pseudomonas aeruginosa自建数据库对P.aeruginosa的鉴定结果较设备自带数据库明显提高。而且自建数据库信息基础上,进一步对21株P.aeruginosa进行聚类分型,实现了对不同来源P.aeruginosa可能污染源的追溯。结论作为一种快速、准确、高通量的全新技术手段,MALDI-TOF MS能够实现对P.aeruginosa的特异性快速鉴定,能满足在公共安全卫生、突发食品安全事件和口岸快速通关方面对P.aeruginosa的快速鉴定需求。